纳豆芽孢杆菌（Bacillus natto），通常为0.7-0.8μm×2.0-3.0μm，革兰氏阳性。生长在葡萄糖琼脂的细胞原生质染色均匀。芽孢椭圆形或柱状，中生或偏中生，即使孢囊膨大，也不显著，有鞭毛，能运动。生长温度最高为45-55℃，最低为5-20℃。孢子耐热性强。
  纳豆芽孢杆菌耐热且可产生多种酶，可用于堆肥发酵。